第二阶段(1977年—1990年)是在职博士德育的思想政治阶段。随着“文化大革命”的结束，党的十一届三中全会的召开，党的中心工作的转移，带给在职博士德育最大的变化是，由“文化大革命”前对在职博士的单一政治方面的要求到对在职博士的思想政治方面的要求。开始使用在职博士思想政治教育概念，提出要加强和改进在职博士思想政治工作。这标明党对在职博士德育工作的进一步重视和对在职博士德育认识的进一步深化。不但仍然重视在职博士政治教育，也重视在职博士的思想教育，而且思想教育的内容不断扩展。这一时期，在职博士德育有了专门的教育和管理机构。
机构大体有三种类型，与大学本科思想政治教育机构合一，并成为其中的一部分，多数培养单位在学生处中设立一个在职博士思想政治教育科。有了专门的教育和管理人员和队伍，开始有了专兼职在职博士辅导员。有了专门文件，主要标志是国家教育委员会1986年《关于加强在职博士思想政治工作的几点意见》和1987年《关于高等学校在职博士马克思主义理论课教学的若干规定))。有了思想政治教育专业，招收思想政治专业在职博士。
